Las semillas u otros productos destinados a formar parte directamente del medio ambiente, y todos los productos agrícolas no transformados, destinados a la alimentación humana y animal.

Los intercambios no son libres, ya que los países importadores deben aplicar una serie de medidas de control. Cualquier semilla transgénica deberá, en cuanto llegue a un país, obtener un acuerdo explícito de este país importador. El procedimiento es menos exigente para los productos agrícolas de base. Si un país autoriza un producto en su mercado interior, debe informar de ello al Centro de intercambios de la bioseguridad, y hacer públicas una serie de informaciones detalladas sobre la naturaleza de la modificación genética.

Cualquier país o grupo de países que ya tenga un sistema de control de importaciones de productos transgénicos -como la UE, que tiene un sistema de autorización preliminar- puede conservarlo, aunque sea mucho más estrictoque el Protocolo, que sólo establece niveles de seguridad mínimos.

Los países pueden decidir en virtud del «principio de precaución», es decir, basándose en estudios científicos, pero con la libertad de decir no si hay dudas científicas. La decisión final es de los políticos, y no de los expertos. El importador puede pedir al exportador que realice una evaluación de los riesgos.

El Protocolo prevé sólo un etiquetado de las entregas «que puedan contener» productos modificados genéticamente, sin imponer entregas separadas, claramente etiquetadas, de los productos transgénicos. Pero el acuerdo prevé entablar negociaciones sobre etiquetados específicos.

Este punto sólo se aborda en el preámbulo, y con una formulación muy contradictoria: estipula que el Protocolo no puede ser interpretado como una modificación de los compromisos internacionales, como la Organización Mundial del Comercio, pero también que no está subordinado a ningún otro acuerdo internacional.